两者的区别包括以下几点：
1.病原不同。前者是伤寒杆菌，后者是疟原虫。
2.传播途径不同。前者通过消化道传播，后者通过蚊虫传播。
3.临床表现不同。前者表现为稽留热、反应迟钝、表情淡漠、腹胀、腹泻或者便秘，病情相对缓慢，有玫瑰疹、肝脾肿大。后者表现为畏寒、寒战、高热，随后大汗、体温下降，隔日或隔两日发作一次，循环往复。恶性疟疾发作没有规律，反复发作可有贫血、脾大。
4.实验室检查不同。前者白细胞总数及中性粒细胞减少，嗜酸细胞是0，肥达反应阳性，确诊需要靠血培养；后者白细胞总数正常，血色素下降，确诊通过血涂片找到疟原虫。
5.治疗不同。前者应用抗菌药物治疗，后者应用抗疟原虫的药物治疗。