甲胎蛋白增高，一方面说明病人可能患有了某些恶性肿瘤，另一方面也可能是肝脏的一些良性疾病导致的增高。
而在生理情况下，甲胎蛋白也可以出现增高。比如，当发生了原发性肝癌或者生殖细胞来源的恶性肿瘤的时候，甲胎蛋白就可以出现明显增高的情况。而且恶性肿瘤的病情越严重，甲状腺癌的水平常会更高。
而除了恶性肿瘤之外，当发生了肝炎、肝硬化等肝脏良性疾病的时候，甲胎蛋白也可以出现增高的情况，但这种增高的水平往往要低于肝癌或者生殖细胞来源恶性肿瘤的病人。
在生理情况下，当女性怀孕的过程中，甲胎蛋白也可以出现增高的现象，在临床上要注意鉴别。