先天性融合肾是两侧肾脏出现融合，肾脏融合之后会导致肾脏及输尿管的畸形。先天性肾融合的治疗，需要根据症状而定。有些患者发生先天性肾融合后，不会出现输尿管的畸形或者是狭窄，患者可能没有明显的症状，这种情况不需要特殊的治疗。
有些患者，可能由于输尿管的狭窄而出现输尿管的绞痛，还可以出现反复的泌尿系的感染，此情况需要给予对症治疗。少数患者可能会出现泌尿系的结石，且易反复发作，甚至有些肾脏结石，会引起尿道梗阻的症状，尿道梗阻需要给予手术治疗，不同的情况需要不同的治疗方式。