亚急性甲状腺炎的发病原因多考虑是病毒感染。多数患者是在上呼吸道感染以后紧接着疾病，所以考虑是病毒波及到了甲状腺，从而导致发病。并且发病时，患者的血清中，某些病毒的抗体滴度也是比较高的。包括有柯萨奇病毒、EB病毒、腺病毒、流感病毒，还有腮腺炎病毒等等。
典型的亚急性甲状腺炎会经历三个时期，甲亢期、甲减期、还有恢复期。甲亢期，主要是因为甲状腺的滤泡上皮被破坏，从而导致大量的甲状腺激素释放入血，患者会表现出甲状腺毒症。
随着滤泡内储存的激素的排空，激素代谢的完全，患者逐步的就会进入甲减期，再随着甲状腺滤泡的恢复，逐渐又会过渡到甲状腺功能正常期。