导致牙周炎的发病原因有很多，遗传是决定因素之一，遗传因素会增加牙周炎的易感性。牙周炎的始动因子是牙菌斑。
牙周炎的发生还和局部因素刺激有关，食物嵌塞、牙面凹陷、创伤性咬合等局部因素导致菌斑、软垢堆积，而且进一步钙化形成牙石，牙石刺激会引起牙周组织炎症以及牙龈红肿、质地松软脆弱、探诊出血。如果这种情况持续下去，牙周袋形成，牙槽骨吸收，严重者导致牙齿松动或脱落。吸烟也可以促进慢性牙周炎的发生。
另外，牙周炎还可能是全身疾病在口腔的表现。比如说像先天愚性、掌趾角化破坏综合征、血液疾病等。精神压力可以明显促进病程发展，影响牙周炎愈合和治疗效果。