克雷白杆菌感染治疗的关键是给予有效的抗生素治疗，但是克雷白杆菌耐药现象非常严重，不同菌株之间对药物的敏感性差异非常大，所以治疗克雷白杆菌感染，选择以药敏结果为准的抗生素。
如果没有获得药敏结果，可以根据病情以及当地的抗生素，以及细菌的情况来选择药物，可以选择3代、4代的头孢菌素类，以及广普的青霉素类，其它的β内酰胺类包括单环类、氨曲南、碳青霉烯、以及带酶抑制剂、β内酰胺类抗生素的使用。
克雷白杆菌感染治疗时间比较长，如果是引起的肺炎，需要治疗3到4周，如果是出现了败血症或者化脓性脑膜炎，可能治疗要6周以上。