尿路感染95%以上是由单一细菌引发的，其中90%的门诊病人和50%左右的住院病人，病原菌大多是这种大肠埃希杆菌，我们又称之为革兰氏阴性杆菌。
这样的菌，它的血清分型可以达到140种，导致尿路感染型的这种大肠埃希菌和病人粪便中分离出来大肠埃希菌是同一个菌属，多见于没有症状的菌尿或者是没有症状的尿路感染，除此之外还有一些其他的细菌，包括变形杆菌，产气杆菌，克雷白肺炎杆菌，铜绿假单胞菌，粪链球菌等等，这些多见于复杂感染或重症感染，以及留置导尿管或者是出现并发症之后的尿路感染病人，白色念珠菌和新型隐球菌的感染都见于一些长期的这种慢性病，比如说糖尿病以及使用糖皮质激素和免疫抑制剂的这样的肿瘤的病人，甚至说一些器官移植术后的病人。
金黄色葡萄球菌主要见于皮肤创伤或者是吸毒引起的这种菌血症以及败血症的病人， 病毒支原体和衣原体引起的这种感染比较少见，但是最近几年有增多的趋势，多种细菌的感染多见于留置导尿管，神经源性膀胱结石以及膀胱造瘘等先天性畸形这样的病人。所以说尿路感染的分型还是比较复杂的。
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