脑干胶质瘤引起的原因，在目前尚不明确。造成脑干胶质瘤形成的因素，并没有特别明确的指征。
大多数的诱发因素都是一些猜测性的说法，而且是多方面的说法，并没有科学依据。但最根本的原因主要就是基因突变学说。主要是由于各种因素的影响，使人体细胞内的基因分子逐渐产生变异，并逐渐增生分化，诱发脑干胶质瘤形成。
其它的病因考虑可能与日常不良的生活习惯、长期服用某些不良药物、长时间受放射线照射等因素有关。而这些因素都可能会使病毒或细菌逐渐侵入脑干，形成脑干胶质瘤。