脑干胶质瘤不会消失的，任何部位的胶质瘤包括脑干胶质瘤，治疗上常以手术方式为主，辅以放疗、化疗及基因治疗。
脑干胶质瘤因发生部位关键，手术难度极大，肿瘤切除困难止血不易，术后并发症较多且预后不佳。术后根据WHO病理分级及肿瘤切除范围，决定进一步治疗方式。
WHO1~2级胶质瘤恶性度较低，中位生存期8~10年，3级胶质瘤中位生存期3~4年，4级胶质母细胞瘤中位生存期15月左右。不同级别胶质瘤均会复发，不会消失，复发表现为原位，不表现为远处的转移。