肠套叠手术的后遗症主要包括肠粘连、肠套叠复发、消化不良、便秘等后遗症，如果患者的肠套叠是由于肿瘤所引起的，还可能会有肿瘤的复发、远处转移等后遗症。
一般对于小儿的肠套叠，首先考虑建议患者进行空气或者是钡剂灌肠治疗，很多患儿可以得到缓解，但是这种复位的方法容易让肠套叠反复发作。
而对于复位失败的或者是有肠坏死可能的患儿肠套叠，则一定要尽快进行手术治疗，患者手术以后一定要注意饮食清淡，保持大便的通畅等。