乳腺穿刺活检最大的伤害，是可能会造成恶性肿瘤的针道转移，或是由于医生的操作不当，而引起穿刺位置的出血、感染等，但此类情况发生的概率较低。另外，乳腺穿刺活检是一种有创操作，可能也会造成患者心理上的恐惧。
乳腺穿刺活检的危害并不大，但需注意的是，一些影像学的检查，如磁共振等，尽量在穿刺活检之前做，避免影响对疾病的诊断。因为很多疾病只能是通过穿刺活检才能够确诊，并且指导下一步的治疗方案。
随着医疗水平的提高、操作水平的提高，穿刺活检很普遍，一般不会造成什么身体伤害。