治疗反流性食管炎可以吃抑酸药、促动力药以及黏膜保护剂。
抑酸药包括3大类，H2受体拮抗剂、质子泵抑制剂以及新型钾离子竞争性阻滞剂。H2受体拮抗剂包括雷尼替丁、法莫替丁等。质子泵抑制剂包括奥美拉唑、雷贝拉唑等。钾离子竞争性阻滞剂，例如富马酸伏诺拉生，抑酸效果逐渐增强。如果一种药物没有效果，可以换用其他药物。
促动力药包括多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等，能加快胃肠蠕动，减少反流。
黏膜保护剂包括硫糖铝混悬凝胶、麦兹林等，保护食管黏膜，防止胃酸、胃蛋白酶等对食管黏膜的腐蚀。
因反流性食管炎容易反复发生，用药时间长，需要定期复查电子胃镜。