麦粒肿眼睛长在里面就是内麦粒肿，其治疗方法与外麦粒肿的治疗方法一致，早期都是口服抗生素，外用含有抗生素的滴眼液，口服具有清热解毒功效的中成药。
常用的药物有妥布霉素滴眼液，以及六神丸清热解毒，消肿止痛。物理治疗可以采用局部温湿热敷，促进局部炎症消散。
在治疗期间，患者注意用眼卫生，不可揉眼睛以及挤压患处，若化脓，脓液流尽后可自行好转，若脓液未能流尽，则需进行手术切除，术后继续抗感染对症治疗，定期复查。