胆汁反流性胃炎和食管反流的部位不同。胆汁反流是由十二指肠反流到胃内，而食管反流是胃内容物反流到食管内。
胆汁反流性胃炎和食管反流的反流物性质不同。胆汁反流性胃炎反流的是胆汁，胆汁是碱性的物质，碱性物质会破坏胃黏膜。食管反流主要是胃内容物，胃内容物的含有胃酸，胃酸会刺激食管出现食管炎。
两者治疗也有区别，胆汁反流性胃炎以促进胃动力为主，食管反流以抑制胃酸分泌为主。胆汁反流性胃炎和食管反流要进行内镜的检查进行确定，决定治疗方案。