上颌窦囊肿手术方式一般分为以下两种：
一种是在中鼻道扩大上颌度的自然开口，用钳子探入上颌窦，摘取囊肿。这种手术需要在鼻内镜直视下进行操作，是目前最为常规的做法。另一种是囊肿的位置位于上颌窦的前壁，可以通过犬齿窝进路摘取囊肿，手术的切口位于犬齿窝。
无论是用哪种手术方式，术后都要给予抗感染的药物治疗。鼻内镜下操作者，还应当定期做术后清理，防止鼻腔粘连，影响鼻窦引流而发生鼻窦炎。