肛瘘总是反复发作，患者就需要及时去医院进行手术治疗，因为肛瘘只有通过手术治疗才能治愈。
手术方式的选择和肛瘘类型有直接的关系，对于低位肛瘘一般行瘘管切开术，瘘管纤维化明显的低位肛瘘也可以行瘘管切除术。而对于高位肛瘘直接将瘘管切开会造成肛门失禁，所以一般采取挂线术，也可以采取LIFT术。
而没有经手术治疗的肛瘘不可能出现自愈，会出现反复的感染，表现为反复肛门周围的肿痛以及流脓症状，所以患者应及时行手术治疗。