埃及血吸虫病主要分为三个阶段。主要是潜伏期急性期以及慢性期。
潜伏期是从尾蚴侵入到尿中，出现虫卵的潜伏期，一般是10到12周，这个阶段没有症状。
第二阶段是急性期症状也比较少。仅有少数的人有发热、乏力等全身症状，荨麻疹比较常见，也会有肝脾肿大血中嗜酸性粒细胞增多的表现。
到第三阶段，慢性期的时候，早期症状为无痛性的周末血尿持续数月或数年以后逐渐出现尿频、尿急等症状，继而可出现排尿困难。比如说并发尿路阻塞肾盂积水，激发细菌感染，最后可以引起肾衰竭、膀胱镜检查可以看到膀胱壁上有大量的虫卵肉芽肿产生的沙班。粘膜增生性炎症以及由尿酸草酸与磷酸盐组成的结石。
埃及血吸虫病可能会诱发癌变患者年龄在40岁左右，大多为未分化的鳞状细胞癌。转移较少见，且出现较迟。肝肠症状出现较迟，且比较日本血吸虫病来说比较轻，肺部症状也比较少见，男性患者可以有前列腺炎、阴茎包皮、橡皮肿等女性患者可以出现阴唇乳头状物，容易被误诊为。癌肿此外，卵巢输卵管等均可受累。