从临床上讲肛瘘是指肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。经久不愈或间歇性反复发作，任何年龄都可发病，多见于青壮年男性。
临床上常见的肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤。由于外口生长较快，脓肿常假性愈合，导致脓肿反复发作破溃或切开，形成多个瘘管和外口，使单纯性肛瘘成为复杂性肛瘘。瘘管由反复性的致密纤维组织包绕，近管腔处为炎性肉芽组织，后期腔内可上皮化。另外，结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病、恶性肿瘤、肛管外伤感染也可引起肛瘘，但比较少见。
分类：1、按瘘管位置高低：分为低位肛瘘和高位肛瘘。①低位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以下。②高位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以上。
2.、按瘘管与括约肌的关系分类：①肛管括约肌间型：瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，多低位肛瘘。②经肛管括约肌型：多因坐骨肛管间隙脓肿引起。
临床上常见的表现有瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物。较大的高位肛瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿、瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热、寒战、乏力等全身感染症状，脓肿穿破或切开引流后，症状缓解。