肛瘘就诊的科室为肛肠科，在三级综合性中西医结合医院或者中医医院大多有独立的肛肠科，患者可以去肛肠科找专科医生就诊治疗。
而一般三级的西医医院，也有独立的肛肠科，如果没有独立的肛肠科，患者可以去普外科就诊。因为有些医院里面分科不是很细，肛肠外科专科医生也归属于普外科，还有些医院是归属于结直肠肛门病科或者胃肠外科。
具体就诊科室，患者需要去就诊医院咨询，目前综合性医院里面即使没有独立的肛肠外科，也会有肛肠外科专科医生。