长期头痛不治疗是否会损伤脑神经，主要和引起头痛的原因有关。
如果是原发性头痛所引起的，一般不会引起损伤脑神经。原发性头痛包括偏头痛、丛集性头痛、紧张性头痛等，是一种血管神经性的头痛，反复发作会对患者的日常生活和工作造成影响。引起患者痛苦和不适，但不会影响中枢神经系统和脑神经。
如果是继发性因素引起的，有可能会损伤脑神经，例如颅内感染性疾病、颅内肿瘤、脑动脉瘤等。发病后应根据患者的病史、临床表现，初步做出诊断。如果是继发性因素导致的，通过手术等方式积极治疗原发病。