射精后龟头疼痛的常见原因是性过程中动作粗暴、性前未做好足够的亲吻拥抱等前戏准备，导致龟头摩擦损伤引起疼痛。
另一常见原因是患有龟头炎，由于性生活摩擦刺激，导致炎性充血加重，即可在射精后感觉到龟头疼痛。
包皮粘连、包茎等也可导致射精后疼痛，可直观查看龟头以及包皮外观性状，查见损伤、感染引起的龟头外观红肿、疼痛，可对症给予吲哚美辛药物止痛，以及头孢克肟药物抗炎治疗。
龟头局部用低浓度高锰酸钾液清洗，暂不安排性生活，生活中禁忌辛辣刺激性的食物，禁忌饮酒。