新生儿失血性贫血主要是针对病因给予相应治疗，积极去除原发病，继发感染时选择使用抗生素等。常见治疗包括药物治疗、手术治疗以及其他治疗方法。
药物治疗常用维生素K、铁剂以及抗生素，其中维生素K作用是肝脏合成凝血所需物质，主要用于治疗和预防新生儿出血症。而铁剂主要是补充体内所缺的铁元素，用于治疗急、慢性失血，抗生素主要是治疗控制细菌感染。
而手术治疗常见的是颅内血肿清除术，主要是清除血肿、降低颅内压。其他治疗方法常见输血、延迟结扎脐带。