多数病毒性脑炎患者，通过积极对症治疗预后较好，可能不会有后遗症。但也有部分病情比较严重或没能及时治疗的患者，可能会遗留不同程度的后遗症。
在病毒性脑炎发病的过程中，可能会对患者的脑细胞造成损伤。损伤到大脑皮层的感觉区域，可能会出现偏身感觉障碍。损伤到运动区域，可能会出现肢体运动不协调、肢体偏瘫等。
损伤到认知区域，可能会对患者的智力造成影响，使患者出现反应迟钝、认知能力下降、学习能力变差，甚至可能会丧失学习能力等。此外，病毒性脑炎还可能会导致患者大脑神经元异常放电，引起反复发作癫痫的后遗症。