肛瘘分为内口、瘘管和外口，外口距离肛门的部位最近，离肛门有多远要根据肛瘘的类型来决定。
肛瘘可分为低位肛瘘和高位肛瘘。如单纯性的低位肛瘘，外口距肛门很近，大约1~2厘米，指诊就可触摸到。如果是高位的复杂性肛瘘，外口距离肛门较远，窦道比较深。因此，肛瘘距离肛门的位置，不同的肛瘘类型距离是不相同的。
临床治疗肛瘘需要做手术，切除内口、瘘管和外口，术后局部伤口护理，每天定时换药促进长出新鲜的肉芽，有助于恢复。