流行性感冒主要是由于机体受到流感病毒感染所致，所以治疗上应当以抗病毒药物治疗为主。经常用到的药物有金刚乙胺、金刚烷胺，属于M2离子通道阻滞剂，不过由于此类药物的耐药效果不是很好。
一旦确诊为流行性感冒之后，建议尽早应用磷酸奥司他韦。成人可以应用奥司他韦胶囊，儿童可以应用奥司他韦颗粒，都能够有效缓解流行性感冒引起的头痛、全身肌肉关节疼痛、流涕、鼻塞等症状。
此外，也可以配合应用一些金花清感颗粒、连花清瘟胶囊、银翘解毒片等中成药物。合并细菌感染时，可以配合应用头孢克肟、阿莫西林等抗生素。对于高烧现象，可以应用布洛芬等退热药物治疗。