葡萄膜恶性黑色素瘤首先要和葡萄膜的良性黑色素瘤进行鉴别，良性者也就是脉络膜的痣，它是不会隆起或者是只有轻微的隆起，表面是光滑的，不会产生视网膜脱离，荧光素眼底血管造影显示没有荧光素渗漏，超声波可以进行区别。
第二个是和脉络膜血管瘤进行鉴别，它萤光素眼底血管造影后期有血窦状的荧光，超声波检查与恶性黑色素瘤不同。
第三个是脉络膜转移瘤，它表现为结节状、边界不整齐，灰黄色或黄白色的浸润性的肿块，起病比较急，发展迅速，可以寻找原发病灶，有助于诊断。
第四个是渗出性年龄相关性黄斑变性，荧光素眼底血管造影，可以看见脉络膜的新生血管膜，荧光素渗漏，出血处遮蔽荧光，CT的扫描和眼部的超声波检查，有助于鉴别。
第五个是脉络膜出血，也可以通过荧光素眼底血管造影进行鉴别，出血会表现为荧光遮挡。