上呼吸道感染和下呼吸道感染首先是感染部位的不同。上呼吸道感染通常发生在口、鼻、咽。而下呼吸道多发生在支气管和肺泡、肺间质。另外，其临床症状也不同。
上呼吸道感染多是以鼻塞、打喷嚏、流眼泪、咽喉疼痛、偶尔咳嗽，同时还可以伴有低热等现象。下呼吸道感染主要是以刺激性的咳嗽，咳痰多为脓性痰，可以伴有明显的畏寒、发热、胸闷、胸痛，有时还可以出现肺外的临床症状。
另外，胸部影像学检查上呼吸道感染时，其胸部x线检查多无明显异常。而下呼吸道感染可以见到两肺肺纹理的增粗、增多，以及有时可以见到双肺的炎性病灶浸润等。治疗上，上呼吸道感染通常予以对症处理，注意休息、多饮水，必要时口服感冒药物以及退热药物等对症处理。下呼吸道感染多需要予以有效的抗感染药物抗感染治疗，配合止咳、祛痰等对症治疗。