结膜炎大多数能自愈，但是对于婴幼儿，结膜炎可导致比较严重的炎症，比如新生儿咽炎、急性结膜炎等。结膜炎未能及时治疗，可能会引起角膜损害，因此应当尽早进行治疗。
婴幼儿结膜炎可由细菌或者病毒感染引起，给予抗生素滴眼液或抗病毒滴眼液进行治疗。若眼部炎症较重，伴有结膜下出血，或者睑结膜伪膜形成，严重的可伴有眼睑皮下出血等。这种情况除了药物治疗，还应当给予结膜囊冲洗、睑结膜伪膜去除术。
本病可能有一定的传染性，接触患儿前、后，要清洗手。