脓肿是由细菌产生的毒素和酶的作用下，使机体局部或全身出现炎症反应，导致相应的组织或器官出现细胞坏死溶解的情况，最终形成一个脓肿。因此脓肿是细菌感染后细胞坏死形成的东西，各种细菌基本上都能造成机体感染诱发脓肿。
目前比较常见的细菌有大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、肺炎克雷伯杆菌、绿脓杆菌、厌氧菌等。脓肿可能是由其中一种细菌导致，也有可能是各种细菌混合在一起诱发。有一些脓肿是由其他部位的炎症细菌经血行传播转移所诱发。