引起后脑勺痛的原因有很多，首先考虑可能是因为生理性反应引起，例如受凉、受风、受压或精神高度紧张的时候，都会对后脑勺部位的感觉神经造成一定干扰，从而引起后脑勺疼痛，但只要是能够及时脱离环境，注意休息和保暖，很快就能缓解。
当如果休息后不能够得到缓解，并且疼痛持续存在，很有可能是因为某些疾病引起，例如颈椎病、后脑勺局部外伤、肌紧张性头痛等。
尤其是有些患者会同时伴随着恶心、呕吐等症状，很有可能是脑肿瘤、脑出血、脑膜炎症等。