巧克力囊肿与子宫肌腺瘤并不是完全相同的。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，而子宫内膜异位在子宫体上则称为子宫肌腺瘤，但如果在卵巢上则叫巧克力囊肿，因此它们的作用部位是不一样的，所以巧克力囊肿与子宫肌腺瘤不一样。
一般巧克力囊肿多是由于患者遗传因素、经血逆流、免疫系统低下、体内雌激素水平较高或者是生殖道发生异常等，都可能会导致巧克力囊肿的现象产生。
建议患者可以适当的服用一些抗炎药物来缓解治疗，若症状一直没有好转，应及时去医院进行相应的检查，根据医生的建议来对症治疗。