多房棘球蚴病主要的有效治疗方法还是针对这种疾病导致的并发症的治疗，如形成肝脏囊肿的应该进行囊肿的切除。一种方法可完全切除病灶，而不必按照肝脏的分段进行。
还有一种方法是经皮肝穿刺，这种治疗方法适用于晚期或者已转移的患者，只是缓解病人的症状，提高生活质量。
肝脏损害比较严重的，可以考虑的是体外肝切除或者自体肝移植，这种治疗方法为多房棘球蚴病患者提供了希望，极大的提高了患者的生存率。
但是相关的并发症以及愈后缺乏的数据，也很难确定后期的生活质量会怎么样。针对这种寄生虫的治疗，如服用阿米达唑等药物，可以起到驱虫的效果。