肛瘘形成的原因主要有以下一些：
首先，肛周化脓感染性的疾病，主要是肛周脓肿，临床上绝大多数的肛瘘都是由于肛周脓肿演变而来，是因为肛周脓肿自行破溃或者经手术切开引流所产生的后遗症。
其次，肛窦炎或者肛腺炎，肛窦炎会引发肛窦局部组织出现充血、水肿，从而导致肛腺开口受阻，肛腺腺液分泌不畅就会导致肛腺炎；而肛腺炎会经肛门括约肌间隙或者淋巴管扩散至肛管直肠周围间隙而引发肛周脓肿，从而导致肛瘘。
再次，一些特殊的感染或者疾病所引发的肛瘘，在临床上比较常见的有结核杆菌感染或者克罗恩病有可能会引发肛瘘。
另外，恶性肿瘤、外伤等原因也会引发肛瘘。