急性化脓性甲状腺炎是甲状腺的非特异性感染疾病，它的发病原因主要还是考虑是血行或者是淋巴或者是临近组织器官感染蔓延而来；也有医源性的，比如像甲状腺内给药，或者是甲状腺穿刺、拔牙以及直接创伤后所引起。目前已经报道的致病菌有金黄色葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌，还有大肠杆菌、沙门菌等等。
还有一些患者容易感染急性化脓性甲状腺炎，主要是因为甲状腺本身存在病变的，像甲状腺囊肿、结节，或者是有肿瘤的一些患者。
还有一些是免疫力低下的患者，像糖尿病、结核病、白血病或者是使用免疫抑制治疗时。