要想有效地分辨肺肿瘤或者纵隔肿瘤的良性或者恶性，最主要的方法是取组织做病理学的检查。对于肺部的肿瘤，可以通过CT引导之下的经皮肺活检，获得肺肿瘤组织做病理。也可以通过支气管镜的检查取得肿瘤的组织，送病理学的检测，区分良性或恶性的肺肿瘤，从而指导进一步的治疗。
同样，纵隔肿瘤也可以在CT的引导之下进行穿刺活检，取得组织做病理检查。
对于早期的肺肿瘤或者纵隔肿瘤的病人，有的也可以直接进行手术的治疗，将肺肿瘤或者纵隔肿瘤完全切除之后，再送病理的检查，区分良恶性。