骨髓增生异常综合征具体的发病的原因并不是特别明确，有可能是多种因素综合作用的结果，和内在因素有着一定的关系。
骨髓增生异常综合征发病有可能和遗传因素有关，如果是家族当中有骨髓增生异常综合征的患者，其他成员得这个病的几率有可能会出现增大。还有一些骨髓异常综合征的发生，有可能和基因突变有关系。另外，骨髓增生异常综合征的发生，也和很多外界的因素有关，比如经常接触放射线的辐射，或者是长期接触一些化学毒物，都有可能会导致骨髓增生异常综合征的发生。
机体免疫力比较低下、经常发生病毒感染，或者是有一些不良的生活习惯，长期熬夜、酗酒等，也有可能会导致骨髓增生异常综合征的发病率增加。