哺乳期肠炎由于担心药物对哺乳造成影响，所以药物的使用也比较局限，在临床上可以选择一些对哺乳没有影响的药物。如果肠炎症状比较轻微的，患者可以选择一些肠道益生菌类的药物，调节肠道菌群。
如果肠炎症状比较严重，伴有大量的水样便腹泻，如果为细菌感染，需要适当使用抗菌药物，可以使用一些对哺乳没有影响的头孢类抗生素，并且需要适当的补充液体，以防止患者出现脱水。
腹泻严重需要加用止泻药物，可以口服思密达止泻治疗。在症状发作期间，患者应该注意清淡饮食，避免辛辣刺激性的食物。如果症状无法控制，需要及时去医院就诊。