糜烂性食管炎主要是食管括约肌松弛、食管黏膜屏障功能受损引起。
当食管括约肌发生松弛，抗反流功能减弱，经常大量饮酒、吸烟，进食过饱导致腹内压增加，从而引起胃食管反流。胃酸和胃蛋白酶是刺激食管黏膜的损害因子，高酸环境下可使贲门括约肌的功能下降，从而导致加重松弛，加重胃食管反流。
胃酸反流到食管对食管的黏膜造成刺激，破坏食管上皮的保护屏障。菌群生态平衡破坏，真菌过度增殖诱发真菌性糜烂性食管炎，食管的黏膜呈糜烂溃疡状态，黏膜中有真菌菌丝，导致糜烂性食管炎。