巧克力囊肿吃药是不能够治好的。因为巧克力囊肿本身就属于雌激素依赖性疾病，就如同子宫内膜组织一样，只要是在育龄期，只要是卵巢还存在周期性的分泌雌激素的功能，巧克力囊肿就不能够彻底用药治疗好的。
但是通过用一些特殊的抑制雌激素作用的药、抑制雌激素分泌的药物，也是可以对病灶有一定的抑制作用，只是说在停药之后就很快反弹。
检查到有巧克力囊肿，主要是看具体情况，比如体积比较大或者生长比较迅速的，有可能发生恶变的，是需要随时做手术治疗的。也有的是可以密切观察，定期复查的。