肺泡微石症目前无特效的治疗方法，此病是不可治愈的，也不能根治的。患者多需要定期观察予以对症处理。肺泡微石症对于糖皮质激素是无效的，应该避免使用，以免诱发不良反应的发生。
患者应该避免或减少粉尘烟雾的吸入；避免主动和被动的吸烟，以免加重肺的损伤。如患者情况允许，可以适当的运动、深呼吸功能锻炼，增强自身的抵抗力。营养饮食，保持良好的生活习惯。积极的预防和防治呼吸道感染，特别是肺炎的发生时，要予以有效的抗生素抗感染治疗。
患者如果喘闷、缺氧症状明显时，还可予以氧疗。同时可以使用长效支气管扩展剂，可以部分缓解其气道阻塞的情况；当肺泡微石症形成肺心病时，要予以积极的治疗；对于重度的终末期肺泡微石症患者，还可以行肺移植手术治疗。