头顶很痛的原因如下：
1.过度睡眠。当过度睡眠的时候，由于大脑缺氧有头顶很痛的症状，一般持续时间较短，可以到户外呼吸一下新鲜空气可缓解症状。
2.高血压。当血压在短时间升高以后会有头顶很痛的症状，如果伴有脑水肿和颅内压增高会出现恶心、呕吐等，本病发病的时候应根据血压的数值个体化的调整血压。
3.颈椎病。本病发病的时候疼痛向头顶部放射，会自觉有头顶部疼痛等症状，通过颈椎核磁共振检查确诊。