假膜性口炎的治疗主要是局部和全身抗感染治疗及局部对症处理。假膜性口炎是机体在抵抗力下降时，体内原本正常的菌群异常增殖，导致菌群失调引发此病。
所以，在治疗上需要全身支持治疗，补充维生素、电解质等提高机体抵抗力。必要时取病变部位的菌落，进行细菌培养和药敏试验，有针对性的全身应用抗生素。
由于该病口腔粘膜多以糜烂、溃疡、表面覆盖假膜起病，患者多疼痛难忍，影响进食，因此，局部贴敷抗生素膜剂或者是外用金霉素甘油抗感染，和普鲁卡因含漱液进行含漱止痛也是非常必要的。