咽角化症的发病病因，目前还没有确切的定论。但是根据目前的研究及患者的临床病情来看，考虑与下列几种因素有关系：
1.口腔不卫生。如果患者日常的生活行为习惯不好，不能正常的清洁口腔，导致口腔中频发牙周炎、牙龈炎等炎症感染性疾病。炎症就会刺激咽喉部位，引发咽喉纤毛菌等的细菌感染，导致表皮的角化。
2.慢性的咽喉炎症、鼻炎或鼻窦炎等疾病。鼻腔中的鼻涕倒流及咽喉部的痰液刺激，也可能引发咽喉表皮角化增生等现象出现。