新生儿溶血性黄疸的程度比较重，有可能留有核黄疸的后遗症。因为溶血性黄疸是由于血细胞之间发生了抗原抗体反应，导致的红细胞破坏增加，引起的血液中胆红素浓度急剧增高，出现了肉眼可见的黄疸。
如果体内胆红素浓度过高，胆红素容易透过血脑屏障进入脑组织，引起中枢神经系统的损伤，并发核黄疸。由于胆红素对神经的损伤是不可逆的，所以会留有永久性的后遗症，比如手足运动不协调或者听力损伤。
即使通过换血疗法清除了体内的抗体阻止了溶血的进一步发生，也不能去除核黄疸的后遗症。