临床中并不是所有的腱鞘囊肿患者都能够自行消退，仅有少数程度相对较轻，形成时间不长的患者加以养护、积极休息，能够自行地减退，而大部分的患者都要积极地治疗、干预。
目前主要以一些穿刺抽吸、类固醇药物注射的方法为主要的治疗手段，能够有效地减轻囊肿所产生的相应症状，辅助一些非甾体类消炎药物，还能进一步减轻疼痛的症状。患者想要彻底根除，往往需要考虑手术切除的方法，能够大大地降低复发率。能够将囊肿整体切除，并且加压包扎，能够很好地防止腱鞘囊肿的复发，并且改善局部的活动功能，减轻相应的症状。
在术后辅助一些理疗、康复训练等方式来改善活动功能，同时也要防止过度的劳损，促进局部的循环代谢，会有比较好的疗效。