导致桥本氏甲状腺炎最主要的原因是自身免疫系统的异常。
桥本氏甲状腺炎的确切病因目前还没有研究清楚，但目前已知的是，它是一种免疫系统的疾病，其引起免疫系统攻击自身的抗体引起桥本氏甲状腺炎。
有很多诱发因素可以导致自身免疫系统的异常，从而导致桥本氏甲状腺炎，比如说遗传性基因、含碘或者含碘的药物，当人体内摄入的碘过量时会增加本病的发病率。辐射，过量辐射也易诱发此病。硒缺乏，因为硒会参与甲状腺激素的合成、代谢过程。感染，某些细菌或者病毒的感染可能会诱发桥本氏甲状腺炎。