新生儿期免疫系统没有发育成熟或者有输尿管反流的患者，尿路感染容易反复发作。尿路感染是因为某种细菌通过血行播散或者逆行感染，导致新生儿尿液中有白细胞、脓细胞或者菌尿。
根据感染发生的部位不同，可以分为肾盂肾炎、膀胱炎和尿道炎。病原菌以大肠埃希杆菌感染最多见，可以由血行感染，最常见的是败血症、化脓或者肺炎等引起，如果是女婴或患有包皮过长的男婴也容易上行感染。
由于新生儿期膀胱输尿管连接处的瓣膜功能比较差，膀胱压力高的时候尿液容易向上逆流而易感染，所以新生儿期尿路感染也容易反复发作，有膀胱输尿管反流以及尿路畸形的患儿，更容易反复发作尿路感染。