胃食管反流的治疗药物，主要以中和胃酸的黏膜保护剂、抑制胃酸分泌的抑酸药和胃肠动力药物为主。
中和胃酸的胃黏膜保护剂，常用的有铝碳酸镁、磷酸铝凝胶等，这些药物可以中和胃酸，缓解反酸、烧心症状。但是，单独使用不能彻底治愈食管炎症。抑制胃酸分泌的药物包括质子泵抑制剂，如奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑等。H2受体拮抗剂，如雷尼替丁、法莫替丁等。一般没有禁忌证，首选质子泵抑制剂。
胃肠动力药可以改善胃肠动力，减少反流发生，常用的有莫沙必利、伊托必利、多潘立酮等。出现胃食管反流后，建议首先行胃镜检查，明确诊断后再由医生选择治疗药物。