隐孢子虫病的主要传播途径是粪-口途径传播。
病人和病畜的粪便中均含有大量的虫卵，当粪便没有得到妥善处理，而导致周围环境、水源和食物被污染，在人与人、人与动物之间、人与环境之间的接触中，经口误食进入人体而感染。同性恋者，尤其是艾滋病患者，口交、肛交的行为是导致隐孢子虫感染的重要途径。
部分病人的痰液中也存在虫卵，所以飞沫也是传播途径之一。而在拥挤的家庭中，幼儿园和医院的接触传播，也是存在的，并且传播率很高，所以在人员的密集区，需要注意此类疾病接触传播的可能。