包皮龟头炎、尿道炎、前列腺炎、精囊炎、附睾炎以及睾丸肿瘤、前列腺肿瘤等疾病，均有可能会引起射精时疼痛。也有是生理性的，比如性生活特别频繁、性生活时间特别长，引起前列腺过度充血，也会引起射精时疼痛。
生殖系统的炎症，尿道炎、包皮龟头炎、前列腺炎、精囊炎、附睾炎，病原体侵犯了这些组织以及器官，会引起充血、炎性水肿。当进行性生活时，这些器官组织充血、水肿加重，尤其是在射精时生殖器官强烈收缩，会引起射精痛。
患有前列腺癌、睾丸肿瘤，肿瘤组织侵犯了这些器官，癌细胞会侵犯神经组织。当射精时生殖器官强烈地收缩，进一步刺激神经也会引起疼痛。